La Secretaria General engloba els diferents serveis administratius i tècnics de la Cambra, exercits per funcionaris. El seu caràcter és professional. Sota la superior autoritat de la Mesa i del President, correspon a la Secretaria General oferir als òrgans parlamentaris i als Diputats suport per al desenvolupament de les seves tasques. Més concretament, presta el seu assessorament jurídic i tècnic a aquests òrgans, facilita diverses prestacions i organitza els mitjans materials i humans precisos perquè la Cambra pugui reunir-se i exercir les seves funcions. Està dirigida pel Secretari General, que és nomenat per la Mesa del Congrés a proposta del President entre els Lletrats de les Corts Generals amb més de cinc anys de serveis efectius. Les seves unitats bàsiques són, a més del mateix Secretari General, dues Secretaries Generals Adjuntes i les direccions següents: Relacions Institucionals; Comunicació; Assessoria Jurídica; Intervenció del Congrés dels Diputats; Assistència Tècnic-Parlamentària; Comissions; Estudis, Anàlisis i Publicacions; Documentació, Biblioteca i Arxiu; Relacions Internacionals; Pressupostos i Contractació; Recursos Humans i Govern Interior; Infraestructures i Instal·lacions i Centre de Tecnologies de la Informació i de les Comunicacions.