El 24 de enero de 1811, las Cortes eligen al diputado de Puebla de los Ángeles como Presidente para el mes de enero. De los diecisiete diputados que vinieron de Ultramar, diez de ellos alcanzarían la presidencia de las Cortes. Pero quizás el obispo de Puebla sea uno de los más notables, ya que fue elegido en tres ocasiones para ocupar dicho cargo: en las Cortes extraordinarias de 1810-1813, en la legislatura ordinaria de 1813-1814 y en la legislatura ordinaria de 1814.

Pérez de la Puebla, como así se le conocía, es el último presidente de las Cortes gaditanas que tienen su sede en la Isla de León, hoy San Fernando. En la sesión de 20 de febrero de 1811, el diputado Villanueva presenta una propuesta para que figure en la fachada del Teatro Cómico, sede de las Cortes, la siguiente inscripción "España libre: 24 septiembre 1810", para recordar este recinto donde las Cortes se habían reunido desde septiembre de 1810.

El presidente levanta la sesión anunciando "...que según lo decretado por S.M. acerca de trasladarse las Cortes a Cádiz, la sesión inmediata se celebrará a las diez de la mañana del día 24 próximo en la Iglesia del Oratorio de San Felipe Neri de dicha ciudad..." (Sesión de 20 de febrero de 1811).

En la siguiente sesión de 24 de febrero de 1811, las Cortes trasladadas a Cádiz elegirán al nuevo presidente, el magistrado valenciano Barón de Antella. Poco antes de producirse esta elección el todavía presidente Pérez de la Puebla defiende los trabajos realizados por las Cortes Generales y Extraordinarias a pesar de la grave situación por la que atravesaba el país, y termina su discurso alabando a la ciudad de Cádiz de la siguiente forma: "...A Cádiz señor, a Cádiz debía venir VM con preferencia a otro cualquier punto... siendo Cádiz el puerto anchuroso que almacena todas las preciosidades del universo..." (Sesión de 24 de febrero de 1811).

¿Quién era este diputado de ultramar que había venido del Virreinato de Nueva España?, había realizado sus estudios en el Colegio de San Luis Rey y en el Colegio Real de San Ignacio, obteniendo el grado de doctor en Teología en el Colegio Carolino donde impartió diferentes disciplinas.

La convocatoria de Cortes no incluye a las provincias de Ultramar, por lo que hubo de dictarse una Instrucción especial de 14 de febrero de 1810. Como las Cortes se abrieron el 24 de septiembre, se decidió que mientras se reunían todos los diputados electos, estos fueran representados por suplentes y, aunque la elección en la Audiencia de México se celebró con gran entusiasmo, nuestro diputado no llega a las Cortes hasta el 23 de diciembre de 1810.

Está suficientemente probada la preparación de este religioso en filosofía, teología y sagrada escritura. Intervino en todos aquellos asuntos que trataron sobre la defensa de las reformas de ultramar, así como en el proyecto de Constitución, en la organización de las provincias, en la libertad de comercio y en cuantos problemas afectaban a las provincias americanas.

En la sesión de 14 de mayo de 1812, presenta en nombre de los diputados americanos la propuesta de realización de una medalla de cobre, plata y oro para perpetuar la acción del Duque de Alburquerque que, al llegar con sus tropas, salvó a Cádiz y a la Isla de León de una difícil situación ante los franceses; medalla que se conserva con los documentos y expedientes que llegaron desde Cádiz al Archivo de la Cámara.

Su ideología se va apartando del grupo liberal americano y poco a poco se adhiere a las ideas absolutistas, incluso pide la reforma de la Constitución; quedando lejana aquella intervención en defensa del artículo 375 en que se mostraba partidario de la igualdad plena entre los diputados americanos y peninsulares.

Firma junto a otros 68 diputados el documento conocido como "Manifiesto de los Persas" por el que se solicitaba a Fernando VII el retorno al antiguo régimen y la abolición de la legislación de las Cortes de Cádiz. El manifiesto toma el nombre del inicio del texto, que resulta muy ilustrativo: "Era costumbre en los antiguos persas pasar cinco días en anarquía después del fallecimiento de su rey, a fin de que la experiencia de los asesinatos, robos y otras desgracias les obligase a ser más fieles a su sucesor...". Este texto que realmente se titula "Representación y manifiesto que algunos diputados a las Cortes ordinarias, firmaron en los mayores apuros de su oposición en Madrid, para que la Magestad del Señor D. Fernando el VII a la entrada de vuelta de su cautividad..." (Madrid, 1814). Un ejemplar de este manifiesto se custodia en la "Serie Papeles Reservados Fernando VII" del Archivo de la Cámara.

Este documento sirvió de base al rey para decretar el 4 de mayo de 1814 el restablecimiento del absolutismo. A Pérez Martínez, en recompensa de esta adhesión a Fernando VII, se le nombra obispo de Puebla el 15 de marzo de 1815. A su vuelta a México forma parte de la Junta provisional gubernativa y firma el acta de independencia el 27 de septiembre de 1821. Asiste a la coronación de Agustín de Itúrbide, que fue proclamado emperador con el nombre de Agustín I de México el 21 de julio de 1822. Se le concede el título de capellán mayor de la corte y colabora por tanto en la consumación de la independencia y en el establecimiento del Imperio. Por su amistad con Itúrbide y su afición por las artes se le encomienda la reforma del antiguo palacio de los Virreyes. Publicó sermones, edictos, pastorales, discursos, proclamas, exhortaciones y panegíricos.

Fallece este religioso en su ciudad natal, el 26 de abril de 1829.

La biografía procede de la publicación "Los presidentes del Congreso de los Diputados, 1810-2010" (2010), coordinada por Sofía Gandarias Alonso de Celis y Mateo Maciá Gómez, y editada por el Departamento de Publicaciones del Congreso de los Diputados. Los textos fueron realizados por ambos coordinadores, con la colaboración de Esperanza Prieto Hernández.