Guereña se cuenta entre los diez diputados de Ultramar que acceden a la presidencia de la Cámara. Los presidentes de Ultramar proceden de los Virreinatos de Nueva España, que aportó seis presidentes y Perú, que aportó uno; de Cuba, uno, y de Guatemala, dos. Fue canónigo doctoral de la catedral de Puebla de los Ángeles (México), en 1809.

En este caso, Juan José Guereña y Garayo salió elegido por el distrito de Durango, provincia de Nueva Vizcaya, que pertenecía al virreinato de Nueva España; elegido diputado propietario por el procedimiento para América y Filipinas en las Cortes Extraordinarias de 1810, quedó como suplente para las Ordinarias de 1813 hasta la llegada de los propietarios. La fecha de alta como diputado corresponde a la de aprobación de sus poderes.

Aprovechemos la elección de este diputado para recordar como los cronistas de la época nos narran dicha elección. El texto de la convocatoria llega a Nueva España a través de la Audiencia de México. Manuel José Quintana nos narra el acontecimiento de esto modo: "...desde este momento, españoles americanos, os veis elevados a la dignidad de hombres libres; no sois ya los mismos que antes encorvados bajo el yugo mientras más distantes estabais del centro del poder, mirados con indiferencia, vagados por la codicia y destruidos por la ignorancia..." Las elecciones se hicieron con gran entusiasmo, dominando la presión criolla. El número total de diputados electos fue de 17, y de estos llegaron a presidente los seis que a continuación se relacionan: Maniau, contador general de la renta del tabaco por Veracruz; Antonio Joaquín Pérez Martínez, canónigo de Puebla; Gordoa, por Zacatecas; Guridi y Alcocer, por Tlaxcala, a cuya ciudad se le concedió derecho de elección por los servicios prestados a los españoles durante la conquista; Gutiérrez Terán, por México, aunque elegido en Cádiz; y Juan José Guereña.

Todos ellos coincidieron en la defensa de asuntos como la abolición de la Inquisición, la libertad de prensa, la autonomía de las provincias frente al poder monárquico y en general el surgimiento de una conciencia regional y soberana que constituiría el germen del federalismo en el México independiente y republicano.

Guereña fue al mismo tiempo otro de los eclesiásticos que participaron en las Cortes de Cádiz.

La convocatoria de Cortes no incluye a las provincias de ultramar, por lo que se dictó una instrucción especial el 14 de febrero en la que se invitaba a elegir un diputado por cada una de las provincias. Como las Cortes se abrieron el 24 de septiembre de 1810, se decidió que mientras se reunían todos los diputados electos éstos fueran representados por suplentes.

Podemos destacar entre sus intervenciones, las siguientes: provisión de prebendas, reglamento del Poder Judicial, congrua de los curas del Perú, instrucción pública y sociedades económicas. En el debate sobre el proyecto de Constitución solicita que se incluya una fórmula que contenga los dogmas católicos fundamentales, alegando que el texto del proyecto no resultaba suficientemente claro en este punto: "... me parece escasa o demasiado concisa la expresión que sólo habla de Dios trino y uno, como autor y legislador supremo de la sociedad, pudiendo en pocas líneas extenderse una protestación de los principales misterios... la fe del cristiano es confesar los principales dogmas de ella..." (Sesión de 25 de agosto de 1811).

Defiende el mantenimiento del llamado fuero eclesiástico, ya que este era de origen divino y por tanto no debía suprimirse. Pero si en algo fue combativo fue en la defensa de los intereses de su provincia, defendiendo la escasez de dinero para la guerra y la creación de una casa de moneda en Durango. También solicitó educación primaria y gratuita para los indios, con el fin de luchar contra su miseria. Su discurso como presidente de las Cortes es del tono habitual de sus compañeros de Ultramar, no reconociéndose merecedor de tan importante cargo.

Firma la Constitución y, aunque las Cortes le conceden licencia para volver a su país el 27 de agosto de 1813, muere en Cádiz el 10 de octubre de 1813, víctima de la epidemia de fiebre amarilla. En su partida de defunción se puede leer que era hijo de Francisco Guereña y Leiva y Juana Garayo Ruiz Calderón. Los funerales en su honor se celebraron en la catedral de Cádiz los días 14 y 16 de octubre de aquel año de 1813.

La biografía procede de la publicación "Los presidentes del Congreso de los Diputados, 1810-2010" (2010), coordinada por Sofía Gandarias Alonso de Celis y Mateo Maciá Gómez, y editada por el Departamento de Publicaciones del Congreso de los Diputados. Los textos fueron realizados por ambos coordinadores, con la colaboración de Esperanza Prieto Hernández.